С Постановление № 58/14.03.2014 г. на Министерския съвет, обнародван в ДВ №27/25.03.2014 г., е изменен и допълнен Устройствения правилник на Министерството на околната среда и водите. Съгласно това изменение е създадена Главна дирекция „Оперативна програма „Околна среда“. Тя изпълнява функциите на Управляващ орган на Оперативна програма „Околна среда“ за програмни периоди 2007 – 2013 г. и 2014 –2020 г., и всички произтичащи от това задължения и отговорности, съгласно регламентите на Европейския съюз, Кохезионния фонд и Структурните фондове. Целта е подобряване на системите за управление и контрол на оперативната програма и оптимизиране на системите и двустепенния модел - Управляващ орган и Междинно звено. Главна дирекция „Оперативна програма „Околна среда“ е отговорна за цялостното управление и изпълнение на оперативната програма в съответствие с принципа на Европейския съюз за добро финансово управление. Управляващият орган изпълнява функции и задачи, свързани с разработването и одобрението от Европейската комисия на програмните документи за усвояване на средствата от Европейския фонд за регионално развитие и Кохезионния фонд, в рамките на ОП "Околна среда". Управляващият орган организира процедури за набиране на проектни предложения и гарантира избирането на проектни предложения за финансиране в съответствие с критериите за избор на проекти по оперативната програма, обявява крайните резултати от оценката и избора на проектните предложения, съгласува договора за предоставяне на безвъзмездна финансова помощ за проекта с бенефициентите.

До 25.03.2014 г. Управляващ орган на оперативна програма "Околна среда 2007-2013 г." e дирекция "Кохезионна политика за околна среда" в МОСВ. До 25.03.2014 г. Междинно звено на ОП “Околна среда 2007 - 2013 г.” е дирекция “Фондове на ЕС за околна среда” в Министерство на околната среда и водите. Междинното звено изпълнява функции и задачи, спрямо бенефициентите, произтичащи от делегираните задачи. В процеса на подготовка, избор и одобрение на операции за финансиране, Междинното звено извършва основно следното: съветва потенциалните бенефициенти при разработване на проектните предложения, извършва детайлна оценка на проектни предложения преминали успешно формална оценка, извършва оценка на капацитета на потенциалния бенефициент за управление на проекта и подготвя проект на договор с бенефициента. В процеса на изпълнение на проекта, Междинното звено контролира правилното прилагане и изпълнение на процедурите по възлагане на обществени поръчки, извършващи се от бенефициента. Междинното звено извършва верификации във връзка с административното, финансово, техническо и физическо изпълнение на проекта от бенефициента. По отношение на ОП “Околна среда 2007-2013 г.” орган, отговорен за осъществяване на плащанията към бенефициентите по програмата ще бъде Междинното звено.

От 25.03.2014 г. дирекциите "Кохезионна политика за околна среда" и “Фондове на ЕС за околна среда” се сливат в Главна дирекция „Оперативна програма „Околна среда“.